Antes de qualquer coisa desligue o seu servidor

Acesse o seu painel de controle e encontre a opção Propriedades.

Na aba Propriedades terá uma opção Seed do mundo. Coloque nele o número da seed.

Depois de salvar, vá até o gerenciador de arquivos e exclua a pasta world clicando com o botão direito e indo em "Apagar".

Após isto inicie o servidor novamente. Todo o conteúdo do mundo será removido e será gerado um novo mundo, com a seed selecionada.