Antes recomendo realizar um backup caso você tenha algo de importante no seu servidor, e todo o processo deve ser feito com ele desligado.

Instalar plugins no seu servidor é bem fácil, você precisa primeiramente mudar o seu servidor para o Paper, para fazer isto é só ir em configurações > versões no seu painel, e clicar em confirmar na versão do paper desejada:

Depois de confirmar você pode abrir o servidor novamente, será gerada uma pasta plugins no gerenciador de arquivos onde você pode enviar o .jar dos plugins que você quiser:

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