Como instalar uma versão customizada no servidor (que não esteja no painel)?

Caso esteja aqui é porque você quer usar uma versão que não esteja no painel em Configuração > Alterar versão.

Nesse caso basta seguir as instruções abaixo:
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1) Depois de logar no painel, vá em Configurações > Versões clique em "Modloader" ou "Alterar Edição Do Minecraft" e altere para Java Edition:

2) Depois disto acesse a aba Gerenciador de arquivos:

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3) Selecione os arquivos na opção "Selecionar Tudo" e clique em "Deletar" (Caso esteja mudando e não queira apagar o mundo ou o modpack, apague somente o server.jar e a pasta libraries se tiver):

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3) Você pode enviar a versão que deseja arrastando para o Gerenciador de arquivo. É necessário baixar uma versão java (.jar):
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Aqui está links de versões java (.jar): Vanilla | Spigot (plugin) | MohistMC (Plugins & Mods).
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4) Mude o nome do arquivo JAR, caso você não tenha mudado o nome em inicialização clique com o botão direito no arquivo JAR > Renomear e renomeie para server.jar

Observação: Caso queira inserir mods, o processo é outro, acesse aqui para detalhes.