Para começar a configurar o server-properties de seu servidor, primeiramente é necessário encontrá-lo. Para isso, basta entrar no painel > file manager > buscar o arquivo "server-properties", dar 2 clique e você verá uma pagina como essa:

Agora que você já está dentro do server-properties, basta ler as explicações abaixo sobre cada linha e decidir quais opções são mais interessantes para o seu servidor.
generator-settings
Caso deseje criar um mundo superplano, você pode colocar os presets personalizados que vai usar. caso contrário, deixe em branco.
allow-nether=true
Permitir a ativação do Nether. Caso queira desativa-lo, apague o true e troque por false.
level-name=world
Aqui fica o nome do servidor. Para troca-lo, apague o conteúdo após o sinal = e escreva o nome que quiser.
enable-query=false
Define a porta onde o server será hospedado. (Veja server-port).
allow-flight=false
Permite que os jogadores de voem no modo survival. É muito importante ativa-lo caso utiliza algum mod de voo. Para começar a usa-lo, basta trocar o false por true, mas é recomendado que se deixe em false mesmo, para evitar hack.
enable-command-block=
Nessa opção você pode definir se seu servidor terá blocos de comando ou não.
server-port=10864
Essa é a porta onde o server está hospedado..
level-type=DEFAULT
Essa opção serve para definir o tipo de mundo será gerado. Você pode optar entre DEFAULT (Padrão), LARGEBIOMES (Bioma Grande) e FLAT (Plano).
enable-rcon=false
Permitir acesso remoto ao servidorRecomendamos deixar como false mesmo.
level-seed=
Aqui, você pode adicionar uma seed para seu mundo. Caso não queira personalizar a seed, basta deixar em branco.
force-gamemode=false
Essa opção força o jogador a usar um modo de jogo padrão. Para ativá-lo, troque o false por true.
server-ip=
O IP do seu servidor. É recomendável deixar essa opção em branco, pra que tudo seja feito automaticamente.
max-build-height=256
A altura máxima para poder colocar blocos.
spawn-npcs=true
Define se vai nascer aldeões NPC no server. Se quiser desativar, troque o true por false.
white-list=false
Permite que o server tenha uma "Whitelist" (Só pode entrar no servidor quem você definir que pode)
spawn-animals=true
Define se vai nascer animais no servidor ou não.
texture-pack=
Define qual textura será usada no server. Para usar a padrão, é só deixar em branco.
online-mode=true
Define se o servidor pode ser utilizado apenas por players com minecraft original ou pirata também. Para permitir a entrada de players com minecraft não oficial, basta colocar o online-mode como false.
op-permission-level=4
Definir o nível de privilégios dos administradores. O número máximo é 4.
pvp=true
Ativa e desativa o PVP no servidor.
difficulty=1
Definir a dificuldade do servidor. A difculdade padrão é Fácil. Para usar a dificuldade Pacífico, use 0. Para Fácil, 1. Para deixar Normal, 2. E para deixar no Dificil, 3.
gamemode=0
Define o modo de jogo. O modo padrão é 0 (survival). Se quiser fazer um mundo criativo, coloque 1 e se quiser um mundo de aventura, coloque 2.
max-players=20
Número máximo de players que o servidor irá ter. Quanto mais o número for alto, mais vai puxar do computador.
spawn-monsters=true
Define se vai nascer monstros no server. Para desativar, apague o true e escreva false.
generate-structures=true
Define se vai gerar estruturas automáticas no server. Para desativar, apague o true e escreva false.
view-distance=10
Defina a área de renderização e carregamento do mundo. A opção 10 é a padrão (Normal). Se estiver sofrendo com lag, você pode colocar um valor menor.
motd=A Minecraft Server
Essa é a descrição do server. Para modificar, apague o trecho A Minecraft Server e escreva o que desejar.

Agora que você já está dentro do server-properties, basta ler as explicações abaixo sobre cada linha e decidir quais opções são mais interessantes para o seu servidor.
generator-settings
Caso deseje criar um mundo superplano, você pode colocar os presets personalizados que vai usar. caso contrário, deixe em branco.
allow-nether=true
Permitir a ativação do Nether. Caso queira desativa-lo, apague o true e troque por false.
level-name=world
Aqui fica o nome do servidor. Para troca-lo, apague o conteúdo após o sinal = e escreva o nome que quiser.
enable-query=false
Define a porta onde o server será hospedado. (Veja server-port).
allow-flight=false
Permite que os jogadores de voem no modo survival. É muito importante ativa-lo caso utiliza algum mod de voo. Para começar a usa-lo, basta trocar o false por true, mas é recomendado que se deixe em false mesmo, para evitar hack.
enable-command-block=
Nessa opção você pode definir se seu servidor terá blocos de comando ou não.
server-port=10864
Essa é a porta onde o server está hospedado..
level-type=DEFAULT
Essa opção serve para definir o tipo de mundo será gerado. Você pode optar entre DEFAULT (Padrão), LARGEBIOMES (Bioma Grande) e FLAT (Plano).
enable-rcon=false
Permitir acesso remoto ao servidorRecomendamos deixar como false mesmo.
level-seed=
Aqui, você pode adicionar uma seed para seu mundo. Caso não queira personalizar a seed, basta deixar em branco.
force-gamemode=false
Essa opção força o jogador a usar um modo de jogo padrão. Para ativá-lo, troque o false por true.
server-ip=
O IP do seu servidor. É recomendável deixar essa opção em branco, pra que tudo seja feito automaticamente.
max-build-height=256
A altura máxima para poder colocar blocos.
spawn-npcs=true
Define se vai nascer aldeões NPC no server. Se quiser desativar, troque o true por false.
white-list=false
Permite que o server tenha uma "Whitelist" (Só pode entrar no servidor quem você definir que pode)
spawn-animals=true
Define se vai nascer animais no servidor ou não.
texture-pack=
Define qual textura será usada no server. Para usar a padrão, é só deixar em branco.
online-mode=true
Define se o servidor pode ser utilizado apenas por players com minecraft original ou pirata também. Para permitir a entrada de players com minecraft não oficial, basta colocar o online-mode como false.
op-permission-level=4
Definir o nível de privilégios dos administradores. O número máximo é 4.
pvp=true
Ativa e desativa o PVP no servidor.
difficulty=1
Definir a dificuldade do servidor. A difculdade padrão é Fácil. Para usar a dificuldade Pacífico, use 0. Para Fácil, 1. Para deixar Normal, 2. E para deixar no Dificil, 3.
gamemode=0
Define o modo de jogo. O modo padrão é 0 (survival). Se quiser fazer um mundo criativo, coloque 1 e se quiser um mundo de aventura, coloque 2.
max-players=20
Número máximo de players que o servidor irá ter. Quanto mais o número for alto, mais vai puxar do computador.
spawn-monsters=true
Define se vai nascer monstros no server. Para desativar, apague o true e escreva false.
generate-structures=true
Define se vai gerar estruturas automáticas no server. Para desativar, apague o true e escreva false.
view-distance=10
Defina a área de renderização e carregamento do mundo. A opção 10 é a padrão (Normal). Se estiver sofrendo com lag, você pode colocar um valor menor.
motd=A Minecraft Server
Essa é a descrição do server. Para modificar, apague o trecho A Minecraft Server e escreva o que desejar.